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民國88年為精簡政府組織,消防處及所屬單位裁併至消防署,同年12月港務消防隊組織通則於立法院審議通過,並經總統公佈實行
民國90年11月16日台九十內字第067385號函制定「內政部消防署港務消防隊組織通則」人數42人。
民國92年11月成立台北港分隊,執行維護台北港區消防安全工作。
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民國93年12月,本隊蘇澳港分隊新建廳舍完工。
民國94年12月,台北港分隊廳舍完工。