民國93年8月
(1)獲行政院及教育部核定，自8月1日起改名為「國立臺南大學」。8月3日舉行改名揭牌儀式，行政院葉副院長菊蘭蒞臨致
詞（圖1）。
(2)教學單位分設教育學院、人文學院、理工學院等三學院。
(3)成立科技管理研究所碩士班、生物科技學系、資訊工程學系、數位學習科技學系。
(4)國民教育研究所改名教育經營與管理研究所，美勞教育學系改名美術學系。
(5)新設生物科技系、數位學習科技系、資訊工程系、科技管理研究所，並自8月起正式招生。
民國93年9月21日，榮譽教學中心啟用典禮（台南市榮譽街忠孝國中舊址）。
民國93年10月26日，法國里昂大學校長蒞臨本校暨簽訂合作意願書。
民國94年2月，首任教育學院院長為洪教授碧霞、首任理工學院院長為黃教授國禎。
民國94年5月，與台南縣建功國小簽訂「專業發展合作學校」並設立七股生態調查站。